드러그뱅크

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드럭뱅크(영어: DrugBank) 데이터베이스는 약과 약의 표적에 관한 정보를 포함하는, 종합적이고 자유롭게 접근이 가능한 온라인 데이터베이스이다.^[1] 바이오인포매틱스와 화학정보학 자원 역할을 하는 드럭뱅크는 상세한 약물(예: 화학, 약물학, 제약) 데이터를 포괄적인 약물 표적(예: 배열 순서, 구조, 경로)정보와 연결한다.^[1]^[2] 드럭뱅크는 위키백과의 내용을 상당 부분 포함하고 있고, 위키백과 또한 드럭뱅크 사이트를 링크걸기도 한다.

이 데이터베이스의 최신 릴리스(버전 5.19)에는 2725개의 FDA 승인 저분자 약물, 2687개의 바이오테크(단백질/펩타이드) 약물, 132개의 약효식품과 6677개의 실험약을 포함한 9591개의 약물 항목을 등재하고 있다.^[3] 게다가 4907개의 중요 단백질(예: 약제 표적/효소 등)의 배열 순서가 약 항목들과 연결되어 있다. 각 드럭카드 항목은 200개 이상의 데이터 필드가 있으며 여기 정보의 절반은 약/화학 데이터를 다루고 있고, 그 밖의 절반은 약 표적이나 단백질 데이터에 기여하고 있다.^[3]

4개의 추가 데이터베이스 HMDB,^[4] T3DB,^[5] SMPDB^[6] FooDB 또한 중간대사물질/화학정보학 데이터베이스의 일반적인 제품군의 일부이기도 하다. HMDB는 40,000개 이상의 인간 대사물질에 관한 정보를 포함하며, T3DB는 3100개의 일반적인 독소와 환경 오염물질에 관한 정보를 포함하며 SMPDB는 700개 정도의 인간 대사회로와 질병 경로에 관한 경로 다이어그램을 포함하며, FooDB는 28,000개 정도의 음식 성분과 식품 첨가물에 관한 정보를 포함한다.

버전 역사

드럭뱅크의 첫 판은 2006년에 출시되었다.^[1]

표 1. 드럭뱅크 1.0, 2.0, 3.0, 드럭뱅크 4.0 간의 비교
분류	1.0	2.0	3.0	4.0
No. of data fields per DrugCard	88	108	148	208
No. of search types	8	12	16	18
No. of illustrated drug-action pathways	0	0	168	232
No. of drugs with metabolizing enzyme data	0	0	762	1,037
No. of drug metabolites with structures	0	0	0	1,239
No. of drug-metabolism reactions	0	0	0	1,308
No. of illustrated drug metabolism pathways	0	0	0	53
No. of drugs with drug transporter data	0	0	516	623
No. of drugs with taxonomic classification information	0	0	0	6,713
No. of SNP-associated drug effects	0	0	113	201
No. of drugs with patent/pricing/manufacturer data	0	0	1,208	1,450
No. of food–drug interactions	0	714	1,039	1,180
No. of drug–drug interactions	0	13,242	13,795	14,150
No. of ADMET parameters (Caco-2, LogS)	0	276	890	6,667
No. of QSAR parameters per drug	5	6	14	23
No. of drugs with drug-target binding constant data	0	0	0	791
No. of drugs with NMR spectra	0	0	0	306
No. of drugs with MS spectra	0	0	0	384
No. of drugs with chemical synthesis information	0	38	38	1,285
No. of FDA-approved small molecule drugs	841	1,344	1,424	1,558
No. of biotech drugs	113	123	132	155
No. of nutraceutical drugs	61	69	82	87
No. of withdrawn drugs	0	57	68	78
No. of illicit drugs	0	188	189	190
No. of experimental drugs	2,894	3,116	5,210	6,009
Total No. of experimental and FDA small molecule drugs	3,796	4,774	6,684	7,561
Total No. of experimental and FDA drugs (all types)	3,909	4,897	6,816	7,713
No. of all drug targets (unique)	2,133	3,037	4,326	4,115
No. of approved-drug enzymes/carriers (unique)	0	0	164	245
No. of all drug enzymes/carriers (unique)	0	0	169	253
No. of external database links	12	18	31	33

같이 보기

파일:Wikidata-logo.svg

위키데이터에 관련 속성이 있습니다.

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각주

↑ ^가 ^나 ^다 Wishart, DS; Knox C; Guo AC 외 (Jan 2006). “DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration”. 《Nucleic Acids Research》 34 (Database issue): D668-D672. doi:10.1093/nar/gkj067. PMC 1347430. PMID 16381955.
↑ Wishart, DS; Knox C; Guo AC 외 (Jan 2008). “DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug targets”. 《Nucleic Acids Research》 36 (Database issue): D901–906. doi:10.1093/nar/gkm958. PMC 2238889. PMID 18048412.
↑ ^가 ^나 Law, V; Knox, C; Djoumbou, Y; Jewison, T; Guo, AC; Liu, Y; Maciejewski, A; Arndt, D; Wilson, M; Neveu, V; Tang, A; Gabriel, G; Ly, C; Adamjee, S; Dame, ZT; Han, B; Zhou, Y; Wishart, DS (Jan 2014). “DrugBank 5.0: shedding new light on drug metabolism”. 《Nucleic Acids Research》 42 (Database issue): D1091-7. doi:10.1093/nar/gkt1068. PMC 3965102. PMID 24203711.
↑ Wishart, DS; Guo, AC; Eisner, R; Young, N; Gautam, B; Hau, DD; Psychogios, N; Dong, E; Bouatra, S; Mandal, R; Sinelnikov, I; Xia, J; Jia, L; Cruz, JA; Lim, E; Sobsey, CA; Shrivastava, S; Huang, P; Liu, P; Fang, L; Peng, J; Fradette, R; Cheng, D; Tzur, D; Clements, M; Lewis, A; De Souza, A; Zuniga, A; Dawe, M; Xiong, Y; Clive, D; Greiner, R; Nazyrova, A; Shaykhutdinov, R; Li, L; Vogel, HJ; Forsythe, I (Jan 2009). “HMDB: a knowledgebase for the human metabolome”. 《Nucleic Acids Research》 37 (Database issue): D603-10. doi:10.1093/nar/gkn810. PMC 2686599. PMID 18953024.
↑ Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Jan 2010). “T3DB: a comprehensively annotated database of common toxins and their targets.”. 《Nucleic Acids Research》 38 (Database issue): D781-6. doi:10.1093/nar/gkp934. PMC 2808899. PMID 19897546.
↑ Jewison, T; Su Y; Disfany FM 외 (Jan 2014). “Small Molecule Pathway Database.”. 《Nucleic Acids Research》 42 (Database issue): D478-84. doi:10.1093/nar/gkt1067. PMC 3965088. PMID 24203708.

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[pmid16381955-1] 가 ^나 ^다 Wishart, DS; Knox C; Guo AC 외 (Jan 2006). “DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration”. 《Nucleic Acids Research》 34 (Database issue): D668-D672. doi:10.1093/nar/gkj067. PMC 1347430. PMID 16381955.

[pmid18048412-2] Wishart, DS; Knox C; Guo AC 외 (Jan 2008). “DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug targets”. 《Nucleic Acids Research》 36 (Database issue): D901–906. doi:10.1093/nar/gkm958. PMC 2238889. PMID 18048412.

[pmid24203711-3] 가 ^나 Law, V; Knox, C; Djoumbou, Y; Jewison, T; Guo, AC; Liu, Y; Maciejewski, A; Arndt, D; Wilson, M; Neveu, V; Tang, A; Gabriel, G; Ly, C; Adamjee, S; Dame, ZT; Han, B; Zhou, Y; Wishart, DS (Jan 2014). “DrugBank 5.0: shedding new light on drug metabolism”. 《Nucleic Acids Research》 42 (Database issue): D1091-7. doi:10.1093/nar/gkt1068. PMC 3965102. PMID 24203711.

[pmid18953024-4] Wishart, DS; Guo, AC; Eisner, R; Young, N; Gautam, B; Hau, DD; Psychogios, N; Dong, E; Bouatra, S; Mandal, R; Sinelnikov, I; Xia, J; Jia, L; Cruz, JA; Lim, E; Sobsey, CA; Shrivastava, S; Huang, P; Liu, P; Fang, L; Peng, J; Fradette, R; Cheng, D; Tzur, D; Clements, M; Lewis, A; De Souza, A; Zuniga, A; Dawe, M; Xiong, Y; Clive, D; Greiner, R; Nazyrova, A; Shaykhutdinov, R; Li, L; Vogel, HJ; Forsythe, I (Jan 2009). “HMDB: a knowledgebase for the human metabolome”. 《Nucleic Acids Research》 37 (Database issue): D603-10. doi:10.1093/nar/gkn810. PMC 2686599. PMID 18953024.

[pmid19897546-5] Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Jan 2010). “T3DB: a comprehensively annotated database of common toxins and their targets.”. 《Nucleic Acids Research》 38 (Database issue): D781-6. doi:10.1093/nar/gkp934. PMC 2808899. PMID 19897546.

[pmid24203708-6] Jewison, T; Su Y; Disfany FM 외 (Jan 2014). “Small Molecule Pathway Database.”. 《Nucleic Acids Research》 42 (Database issue): D478-84. doi:10.1093/nar/gkt1067. PMC 3965088. PMID 24203708.

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